Kabupaten Jombang dikenal dengan banyaknya pondok pesantren (ponpes) dan juga ulama- ulama besar Indonesia. Di sinilah berdiri Pondok Pesantren Mambaul Maarif, tepatnya di Desa Denanyar. Ponpes ini didirikan oleh K.H. Bishri Syansuri, salah satu tokoh pendiri Nahdlatul Ulama. Setelah mengeyam pendidikan agama, beliau berinisiatif mendirikan pondok pesantren di Desa Denanyar.
Dengan dukungan istrinya, Nyai Hj. Noor Khodijah dan dengan seizin gurunya, K.H. Hasyim Asyari serta mertuanya, K.H. Hasbullah, Kiai Bishri Syansuri mendirikan Pondok Pesantren Denanyar pada tahun 1917. Ponpes ini bisa dikatakan Ponpes yang paling muda di antara pondok pesantren lainnya di Jombang seperti Ponpes Bahrul Ulum Tambak Beras dan PonPes Tebuireng.
Pada awal didirikannya pondok pesantren ini, hanya dibangun Pondok untuk santri putra karena pada saat itu dianggap tidak lazim jika santri putri mondok di pesantren. Namun dengan seizin K.H. Hasyim Asyari, beliau pun mendirikan Pondok Pesantren Putri Denanyar pada tahun 1921. Tiga tahun setelahnya dibangun Madrasah Ibtidaiyah (SD) Mambaul Huda yang kemudian diganti menjadi Mambaul Maarif dan secara bersamaan Pondok Pesatren Denanyar menjadi Pondok Pesantren Mambaul Maarif.
Setelah itu, dua tahun kemudian dibangun Madrasah Tsanawiyah Putra dan pada 1928 dibangunlah Madrasah Tsanawiyah Putri. Kemudian tahun 1962 dibangun Madrasah Aliyah Putra Putri yang sesuai SK menteri agama RI No.24 tahun 1969 menjadi Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah yang sebelumnya berstatus swasta menjadi negeri, yakni MTsN dan MAN.
Upaya pengembangan pondok pesantren terus diupayakan, seperti dibangunnya Madrasah Tsanawiyah Mambaul Maarif (berstatus swasta) pada 1993 dan Madrasah Aliyah (berstatus swasta) pada tahun 2000, serta terdapat pula Sekolah Kejuruan yang didirikan pada tahun 1999.
Untuk menunjang pembelajaran di sekolah yang telah dibangun, maka didirikan pula Taman Pendidikan Al-Quran (TPQ), Madrasah Diniyah serta Lembaga Bahasa Arab dan Bahasa Inggris.