Selain versi standar, Toyota New Yaris juga memproduksi versi modifikasi. Kerennya, karya modifikasi yang diberi nama Toyota New Yaris versi TRD tersebut adalah rancangan orang Indonesia asal Surabaya bernama Wahyu Kusuma Danny.
Wahyu memodifikasi New Yaris dengan menambahkan bodykit. Dia mengadopsi bentuk pesawat jet tempur, sehingga memiliki kesan agresif dan tajam. Modifikasi dari Wahyu memenangkan kompetisi yang digelar Toyota pada saat itu. Pria lulusan Institut Teknologi Sepuluh Nopember (ITS) Surabaya tersebut berhasil menyingkirkan kompetitornya dari Australia dan Jepang.
Bukan cuma Toyota New Yaris versi TRD, karya Wahyu yang lain yaitu Avanza Luxury dan Veloz Luxury. Dia memodifikasi mobil tersebut sehingga berbeda dari generasi sebelumnya.
